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Apesar dos progressos obtidos nos últimos anos, a quimioterapia mantém uma toxicidade elevada que pode provocar complicações mais ou menos graves, por vezes fatais. É muito possível que a maioria ou mesmo nenhum destes problemas ocorra, mas se surgirem não são inesperados.
A pneumonite intersticial é uma inflamação dos tecidos que envolvem as vias aéreas dos pulmões. Pode ser causada por infecções, mas resulta muitas vezes da toxicidade do condicionamento, sobretudo nos doentes que fazem ou fizeram no passado radioterapia. Como se disse atrás, o exercício ajuda a evitar que as pneumonites sejam complicadas por infecções, embora seja muitas vezes difícil de tolerar nas duas primeiras semanas depois do transplante.
A doença veno-oclusiva hepática surge em cerca de 20% dos doentes e resulta, também, do regime preparatório de condicionamento. As paredes dos vasos hepáticos dilatam-se, acumula-se fibrina no interior desses pequenos vasos, impedindo a circulação normal no fígado, podendo mesmo bloquear as pequenas veias hepáticas. Disto resulta aumento de peso por retenção de água no corpo, edemas e ascite (líquido na cavidade abdominal). Os doentes ficam com icterícia porque a drenagem da bílis está também dificultada. Nas formas mais graves, pode resultar uma alteração acentuada da função hepática. O tratamento visa aliviar os sintomas, reduzir o inchaço e a ascite, enquanto o fígado se vai regenerando a si próprio.
Certos medicamentos utilizados no condicionamento podem provocar uma descamação da mucosa da bexiga que provoca dores, dificuldade em urinar e hemorragia. Estes doentes podem necessitar de muitas transfusões para corrigir as perdas e de lavagens frequentes da bexiga. Na grande maioria dos casos, a cistite hemorrágica resolve-se sem deixar quaisquer problemas, mas podem persistir sintomas durante algum tempo. Para evitar esta complicação os doentes, durante o condicionamento, recebem grande quantidade de soros são aconselhados a urinar frequentemente e tomam um medicamento para proteger o aparelho urinário. Com estas medidas preventivas, a cistite hemorrágica só surge raramente.
A quimioterapia de condicionamento elimina a medula óssea e o sistema imunitário e destroi as barreiras naturais contra a infecção (por ex., pele e mucosas da boca, intestino, etc.). Por isso, a maioria dos doentes tem infecções. O primeiro sinal é a febre. A maioria das infecções são provocadas por micróbios que fazem parte da flora normal do doente e que só provocam doença devido à diminuição das defesas do doente, sobretudo devido à falta de glóbulos brancos. É por essa razão que os doentes permanecem isolados após o clclo de quimioterapia.
É raro o enxerto não conseguir reconstituir a medula óssea no doente.